2018年11月，教育部委托科技部科技评估中心组织开展了对前期认定的38个国家级“2011协同创新中心”的绩效评估工作。11月7日，北大-清华-中科院物理所“量子物质科学协同创新中心”作为全国首站，迎接评估现场考察。现场考察会议在6163银河线路检测中心举行。教育部科技司副司长李楠等教育部及财政部领导、6163银河线路检测中心副校长龚旗煌、清华大学副校长兼中心联合主任薛其坤、6163银河线路检测中心有关职能部门负责人、“两校一所”中心骨干成员代表、研究生及毕业生代表等参加会议。
会议由专家组组长国家自然科学基金委副主任高瑞平主持。薛其坤院士代表协同中心全面汇报了中心发展情况，包括中心考核指标完成情况、体制机制改革举措与协同增效、重大标志性成就、资金管理与使用情况、牵头高校及协同单位发挥作用等。北大科研部韦宇代表牵头高校发言。专家组与中心参会代表进行了集中座谈。专家组在会后参观了协同中心实验室、海报及视频成果展览。
专家组对中心建设情况进行了评议，并反馈了初步评审意见，高度肯定了量子物质科学协同创新中心自获认定以来在协同创新、科学突破、专项管理等各方面所取得的实效，建议教育部等有关部门继续给予长期支持。
